在全球各地，医疗纠纷都在这几年掀起高峰，世界卫生组织调查，全球流通的药品中，有超过10%的伪药，未开发国家更超过40%，全球伪药的金额超过3,200亿美元，此外，配错药问题也困扰着医疗业界，美国每年因此而造成上百万美元的损失，英国每年则因此造成7万多人口死亡，我国台湾地区从其卫生部门的医事鉴定委托件数从1987年的147件一路攀升，到2001年已有406件，2005年这个数字仍居高不下，就主要原因来看，占比例最高为医疗不良的24%，手术相关问题次之，占15%，显见药物识别问题的解决，已刻不容缓。

就目前RFID手持终端技术在医疗领域的应用，药物识别已占有最大的应用比例，医疗院的药物管制有所谓的「三读五对」方式，三读意指药盒、药袋、药杯中，药品因存放位置改变而必须进行的确认，五对则是就病人、时间、药名、剂量、途径等5项数据比对，由此都可用RFID手持终端技术来提升正确度。例如医生开立处方后，将处方信息加载RFID技术卷标并交由病患领药，另一方面医生的处方数据也会同时传送到药局，药务士配药时，药盒上的RFID手持终端技术系统会主动提醒药物的正确与否，当药物配好后，柜台上的RFID手持终端技术系统也会再次比对领药者的RFID卷标数据与药物是否吻合。

另外在伪药防治上，除了条形码已被规范到药品包装外，利用RFID手持终端技术来作为药品生产履历，也已被美国食品药品管理局定为打击伪药的方案，让药品的来源、流通渠道得以验证其合法性，RFID手持终端技术也用来作为特殊药品的管制，对于部分药品，药盒上的读取器有其限制，必须读取到合格的标签，才会打开药盒，而护士巡房用的药品推车，也被建上RFID手持终端技术系统，藉由RFID手持终端技术控管、纪录护士的用药情形，病人用药的时间也会被纪录在RFID手持终端技术系统中，作为日后医疗依据或产生纠纷时的评断证据。

医院建置RFID系统用来管制药品外，也将之延伸到其它应用，如资产管理、废弃物追踪、开刀人员辨识等，药品管制仍是各国将RFID在医疗的主要应用，包括韩国、印度、意大利、美国、英国等皆为如此。